Una incapacidad médica llega a nómina el mismo día del cierre; un trabajador solicita permiso para una cita con especialista; otro presenta una citación judicial y un padre debe asistir obligatoriamente al colegio de su hijo. Situaciones que antes podían resolverse con criterios informales hoy exigen mayor precisión. Después de la Ley 2466 de 2025, seguir tratando todas las ausencias como si fueran iguales puede generar descuentos incorrectos, rechazos injustificados, inconsistencias en nómina y conflictos laborales. El problema no consiste únicamente en saber si una persona puede faltar al trabajo: la empresa debe identificar qué tipo de ausencia existe, qué soporte corresponde, quién asume económicamente el período, cómo debe registrarse y qué evidencia conservar. La reforma laboral amplió expresamente varios eventos de licencia remunerada, mientras que las incapacidades continúan sujetas a sus propias reglas de seguridad social. Confundir ambos conceptos aumenta el riesgo justamente donde debería existir mayor trazabilidad.
Incapacidad y licencia laboral no significan lo mismo
Uno de los primeros controles que debería existir en una empresa es la correcta clasificación de las ausencias.
Una incapacidad se origina en una condición de salud que impide temporalmente al trabajador desarrollar su actividad. Su reconocimiento económico depende, entre otros aspectos, del origen de la incapacidad, su duración, la afiliación al sistema y la entidad responsable.
Una licencia, en cambio, corresponde a una autorización para que el trabajador se ausente por una circunstancia determinada. Dependiendo de su naturaleza, puede ser remunerada, no remunerada, obligatoria, legal o convenida entre las partes.
Esta diferencia no es solamente conceptual.
De la clasificación dependen decisiones como:
- si existe o no lugar a descuento;
- quién debe asumir el reconocimiento económico;
- qué documento soporta la ausencia;
- cómo se procesa la novedad en nómina;
- qué información se reporta al sistema de seguridad social;
- cuánto tiempo debe conservarse la evidencia;
- y qué procedimiento debe aplicar talento humano.
Por eso, gestionar una ausencia exclusivamente con un correo, un mensaje de WhatsApp o una anotación en la planilla de nómina puede resultar insuficiente.
La empresa necesita poder explicar posteriormente qué ocurrió, bajo qué norma actuó y cuáles fueron los documentos que sustentaron su decisión.
¿Qué cambió con la Ley 2466 de 2025?
La Ley 2466 fue expedida el 25 de junio de 2025 y modificó diferentes disposiciones laborales. En materia de permisos, uno de sus cambios relevantes se encuentra en el artículo 15, que modificó el numeral 6 del artículo 57 del Código Sustantivo del Trabajo y precisó o amplió varios eventos de licencia remunerada.
Actualmente se contemplan, entre otros, permisos remunerados para:
Grave calamidad doméstica debidamente comprobada. La reforma incorporó una definición más concreta y comprende situaciones personales o familiares, dentro de determinados grados de parentesco, así como eventos derivados de caso fortuito o fuerza mayor cuya gravedad afecte el desarrollo normal de las actividades del trabajador.
Citas médicas. La norma contempla las citas médicas de urgencia y las citas programadas con especialistas, bajo las condiciones de información y certificación previstas legalmente. También menciona expresamente los casos relacionados con diagnóstico y tratamiento de endometriosis previstos en la Ley 2338 de 2023.
Obligaciones escolares como acudiente. Existe licencia remunerada cuando la presencia del trabajador sea obligatoria por requerimiento del establecimiento educativo. Esto es importante: no cualquier actividad escolar se convierte automáticamente en licencia remunerada; debe analizarse el supuesto concreto y su soporte.
Citaciones judiciales, administrativas y legales. La reforma incorporó expresamente esta circunstancia dentro de las licencias remuneradas.
Además, la ley contempla la posibilidad de que trabajadores del sector privado regidos por el Código Sustantivo del Trabajo acuerden con el empleador un día de descanso remunerado por cada seis meses de trabajo cuando certifiquen el uso de la bicicleta como medio de transporte de llegada y salida del trabajo. La propia redacción utiliza la expresión “podrán acordar”, por lo que no debe administrarse como si fuera exactamente igual a los demás permisos obligatorios del numeral.
El cambio normativo exige cambiar también el procedimiento
Actualizar únicamente el reglamento o enviar una circular a los trabajadores no garantiza una adecuada implementación.
La gestión de estas novedades requiere revisar el proceso completo.
Pensemos en una cita médica con especialista.
La pregunta no debería limitarse a:
“¿Le damos permiso?”
También debe establecerse:
¿El trabajador informó oportunamente?
¿Existe el soporte requerido?
¿Qué tiempo razonablemente comprende la ausencia?
¿Cómo se registra en nómina?
¿Quién autoriza internamente?
¿Dónde queda almacenada la evidencia?
¿La información médica está siendo tratada con la confidencialidad correspondiente?
¿El jefe inmediato conoce hasta dónde puede solicitar información?
Cuando no existe un procedimiento claro, dos trabajadores con situaciones similares pueden recibir tratamientos diferentes simplemente porque pertenecen a áreas distintas o porque cada jefe interpreta la norma a su manera.
Ese es un problema de control.
La reforma no convirtió cualquier ausencia en licencia remunerada
Este punto merece especial atención.
El reconocimiento de nuevos eventos legales no significa que toda diligencia personal, cita, actividad educativa o inconveniente familiar deba pagarse automáticamente como tiempo laborado.
Debe verificarse si los hechos corresponden realmente al supuesto establecido por la ley.
Por ejemplo, en las obligaciones escolares la norma se refiere a aquellas en las cuales sea obligatoria la asistencia del trabajador como acudiente por requerimiento del centro educativo.
La empresa tampoco debería resolver el problema imponiendo requisitos que hagan prácticamente imposible utilizar el derecho.
El equilibrio consiste en solicitar evidencia suficiente para acreditar la circunstancia sin crear obstáculos injustificados.
La documentación sirve para proteger tanto al trabajador como al empleador.
¿Y qué ocurre con las incapacidades?
Aquí aparece otra fuente frecuente de errores.
La Ley 2466 de 2025 modificó diversos aspectos laborales, pero eso no significa que haya reemplazado el régimen general de reconocimiento económico de las incapacidades.
En enfermedad de origen común, las reglas vigentes mantienen una distribución de responsabilidades según la duración.
De manera general, los dos primeros días se encuentran a cargo del empleador; desde el tercer día y hasta el día 180 interviene la EPS. Para incapacidades prolongadas existen reglas posteriores que involucran al sistema pensional y, cumplidos determinados presupuestos, nuevamente a la EPS. Fuentes oficiales han resumido la distribución general así: días 1 y 2, empleador; días 3 a 180, EPS; días 181 a 540, fondo de pensiones; y desde el día 541, EPS, sujeto naturalmente a las condiciones legales aplicables a cada situación.
Por eso no es recomendable aplicar esta tabla mecánicamente sin revisar el caso.
Una incapacidad extensa puede involucrar conceptos de rehabilitación, pérdida de capacidad laboral, continuidad, prórrogas, reconocimiento económico y actuaciones de distintas entidades.
Conocer la regla general no sustituye el análisis del expediente particular.
El trabajador no debería asumir trámites que corresponden al empleador
Otro aspecto importante en el control de incapacidades es la gestión administrativa del reconocimiento.
La regulación ha establecido que corresponde al empleador adelantar ante la EPS el trámite para el reconocimiento de incapacidades y licencias económicas, una vez recibe la documentación correspondiente del trabajador. Función Pública ha reiterado que esa carga administrativa no debe trasladarse simplemente al afiliado.
En la práctica, esto obliga a tener control sobre:
fecha de recepción de la incapacidad;
entidad que la expidió;
período reconocido;
radicación ante la entidad responsable;
estado del recobro;
valor pagado al trabajador;
valor reconocido por la entidad;
diferencias pendientes;
prórrogas;
y cierre definitivo del caso.
Cuando esa información queda repartida entre nómina, contabilidad y talento humano sin conciliación, aparecen partidas pendientes durante meses e incluso años.
Fuente:https://micontabilidadcom.blogspot.com/2026/09/incapacidades-y-licencias-controles-que.html